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image를 찍은 후, 알고 있는 unit 단위에 맞춰 분석하고자 할 때 다음 방법을 사용할 수 있다.

이 방법을 사용하기 위해서는 scale bar가 필요하다. 

① image J 프로그램을 실행한다.

② file-open으로 이미지를 열거나, ctr +c,v로 이미지를 연다.

③ 직선 모양을 클릭한다.

④ 이미지의 scale bar의 길이에 맞춰 선을 긋는다.

⑤ analyze - set scale을 클릭해 다음 창이 뜨게 한다.

⑥ known distance에 알고 있는 길이를, unit of length에 단위를 입력한다.

⑦ 이미지에서 측정하고자 하는 곳을 선을 긋는다.

⑧ 키보드의 m 버튼을 누른다. 다음과 같이 result 창이 뜬다.

1. gene의 염기서열 전체를 ctr + c, ctr + v해서 텍스트 파일로 불러온다.

2. forward primer, reverse primer의 염기서열을 표기한다.

3. ctr + F로 forward primer를 찾아 염기서열이 있는지 확인 후 색을 다르게 해 표시한다.

4. reverse는 순서를 반대로 바꿔준다(ex. aagttc - cttgaa)

5. 순서를 바꾼 염기서열에 상보적인 염기로 바꾸고, ctr + F로 염기서열이 있는지 확인 후 색을 다르게 해 표시한다.

6.  5 to 3 방향에 주의해 primer를 주문한다.

PRIMER 확인하기

1. NCBI 홈페이지의 우측 상단 Popular Resource- BLAST를 클릭한다.

방법 ①

2. 스크롤해서 Primer-BLAST를 클릭한다.

3. Enter accession, gi, or FASTA sequence 란에 Forward, Reverse primer 순으로 입력한다.

※ Forward 입력 후 한줄 띄우고 Reverse 입력!

4. 하단의 Get primers를 클릭한다.

5. products on target tem~ 가 원하는 gene에 맞는 primer인지 확인한다.

방법 ②

2. Web BLAST의 Nucleotide BLAST를 클릭한다.

3. Enter accession, gi, or FASTA sequence 란에 Forward, Reverse primer 순으로 입력한다.

※ Forward 입력 후 한줄 띄우고 Reverse 입력!

4. Choose Search Set의 database를 Human genomic + transcript에 체크한다.

5. Program Selection의 Optimize for를 Optimize for Somewhat similar sequences (blastn)에 체크한다.

6. BLAST를 클릭해 Sequences producing significant alignments에서, 원하는 gene에 맞는 primer인지 확인한다.

※ Query cover값이 높으면 많이 일치한다는 것을 나타낸다. 따라서 높을수록 좋다.

PRIMER 짜기

1. primer 3 plue(http://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/primer3plus/primer3plus.cgi ) 페이지와 NCBI(생물공학 정보센터, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ )에 접속한다.

2. NCBI 페이지에서, 우측 상단 Popular Resources의 Nucleotide를 클릭한 후 원하는 gene의 이름을 입력한다.

※ cell 이름으로 검색 시, data가 너무 방대해 원하는 gene을 찾기 힘들다. 따라서 gene이나 primer의 이름으로 검색한다. (ex. chondrocyte X, aggrecan O)

3. 검색 후, 우측 상단 Results by taxon을 select한다. (human cell 실험시에는 homo sapiens 클릭)

4. 검색 결과 뜬 Item 중, mRNA, complete cds라고 되어있는 것을 클릭한다.

※ mRNA, complete cds 결과가 여러 개일 경우에는 어떤 것을 선택해도 무방하다.

mRNA, complete cds라고 된 Item이 없으면 논문을 참고(PubMed 클릭)해 확인 후 transcript varient 사용한다.

5. origin 전체를 복사한 후 primer 3 plus의 Main- paste source sequence below에 붙여넣는다.

※ sequence 입력 후 Pick primer에서 warning이 뜰 경우, 숫자와 공백을 없애고 입력해본다.

NCBI에서 Item을 클릭할 때, FASTA 클릭시 공백이 없는 sequence가 나온다.

6. general settings에서 primer size, primer Tm, primer GC% 등의 조건을 입력한다.

※ 보통 primer size: 18/20/20, Tm: 55/55/60, GC%: 50/50/55 로 설정한다.

product size ranges를 조절해 만들어질 product의 bp를 정할 수 있다.

7. 우측 상단의 초록색 Pick primer를 클릭한다.

8. 도출된 여러 종류의 primer 중 가장 이상적인 primer를 선택한다.

※ product size(전체 primer 크기)가 100~150 bp 사이 값이면, ANY, SELF 값이 작으면 좋다.

① 사용할 CELL 정하고 그 cell의 host를 확인한다.

② cell에서 뭘 볼건지(ex. cytoskeleton..)를 정하고 그에 맞는 1차 Ab가 있는지 확인한다.

※ 이때 react with 확인!

③ 논문과 datasheet를 참고해 negative cell, positive cell을 확인 후 각각 media를 확인한다.

④ negative cell, positive cell을 사용한 reference를 찾아본다.

- negative cell 찾기!!

Ab 이름 + negative cell 검색

사용 cell + negative cell 되는지 확인한다(되면 안됨)

anti- 사용 Ab 이름 검색해서 확인(구글스칼라 Ab 이름 + Positive cell or negative cell 검색)

- 구글스칼라 검색 방법 팁

① cell이 발현하는 물질 확인시        (cell 이름) cell gene expression profile

② 원하는 cell. Ab 사용한 ref 찾기    cell 이름 AND Ab 이름

③ cell marker, ref 찾기                  cell 이름 AND mark

-sci-hub

https://sci-hub.tw/

유료 논문 등의 링크를 넣으면 열어준다.

1. 목적: cell RT를 위해 stepone software를 설정한다.

2. 방법

① stepone software를 실행한다(v2.3 사용)

왼쪽 상단의 new experiment - advanced setup을 클릭한다.

② Experiment name을 설정하고, 사용하고자 하는 well plate, Ct값 계산법, 사용 시약, 시간 등을 설정한다.

(주로 48-well, ΔΔCt, SYBR, standard 설정)

③ Define target에 cell type을, Define sample에 master mix를 표기한다. 

④ Plate setup한다

두 줄로 나눠서 할 필요 없음. 임의로 설정한 plate임.

⑤ holding stage만 남기고 나머지 stage는 삭제한다.

다음은 RT시 온도 설정이며, step 6에 collect는 설정하지 않아도 된다.

IP 지정된 프린터 연결하기!

1. 윈도우 창에서 실행을 켠다

2. \\입력 후 IP를 입력한다.

3. IP 지정된 컴퓨터의 비밀번호를 입력한다.

4. 비밀번호 입력 시 다음과 같은 창이 뜨는것을 확인한다. 

연결완료!

1. 목표:    SPSS 일원배치 분산분석을 이용해 데이터가 유의한 값을 가지는지 비교한다.

2. 방법

① 데이터 보기에서 변수 line에 맞춰, 세로로 각 group별로 임의의 값을 입력한다(같은 group은 동일한 값 입력)

② 변수 보기에서 값을 클릭해, ①에서 설정한 임의의 기준값에 레이블을 설정한다(group에 이름 붙여주기)

③ 데이터 보기에서 각 값을 입력한다.

④ 분석-평균비교-일원배치 분산분석을 클릭한다.

⑥ 사후분석 LSD를 클릭하고 옵션에서 기술통계, 평균도표를 체크한다.

⑦ 출력결과를 보고 유의한 차가 있는지 확인한다. 

노르말 농도는 용액의 농도를 표시하는 단위로, 용액 1L당 용질 g 당량수를 말한다.

(당량: 1 mole의 전다, H+, OH-와 반응하거나, 생성하는 물질의 양)

단위는 N을 사용한다.

- 1N NaOH

1M NaOH가 용해되면

NaOH → Na+ + OH-

1 mole의 OH-가 생성된다. 이를 1당량의 NaOH라 한다.

NaOH의 분자량은 40이므로 40g NaOH + DW = 1L를 섞어 1N NaOH를 만든다.

- 1N HCl

1M HCl이 용해되면

HCl  → H+ + Cl-

1 mole의 H+가 생성된다. 이를 1당량의 HCl이라 한다.

HCl의 분자량은 36.5이므로 36.5g HCl + DW = 1L를 섞어 1N HCl을 만든다.

N = (용질 질량(g) / g 당량수) / 용액 부피 (L)

몰농도 = 1000ml * 밀도(g/ml) * 농도/분자량

노르말 농도 = 당량수 * 몰농도