PRIMER 확인하기
1. NCBI 홈페이지의 우측 상단 Popular Resource- BLAST를 클릭한다.
방법 ①
2. 스크롤해서 Primer-BLAST를 클릭한다.
3. Enter accession, gi, or FASTA sequence 란에 Forward, Reverse primer 순으로 입력한다.
※ Forward 입력 후 한줄 띄우고 Reverse 입력!
4. 하단의 Get primers를 클릭한다.
5. products on target tem~ 가 원하는 gene에 맞는 primer인지 확인한다.
방법 ②
2. Web BLAST의 Nucleotide BLAST를 클릭한다.
3. Enter accession, gi, or FASTA sequence 란에 Forward, Reverse primer 순으로 입력한다.
※ Forward 입력 후 한줄 띄우고 Reverse 입력!
4. Choose Search Set의 database를 Human genomic + transcript에 체크한다.
5. Program Selection의 Optimize for를 Optimize for Somewhat similar sequences (blastn)에 체크한다.
6. BLAST를 클릭해 Sequences producing significant alignments에서, 원하는 gene에 맞는 primer인지 확인한다.
※ Query cover값이 높으면 많이 일치한다는 것을 나타낸다. 따라서 높을수록 좋다.
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